På samme måte som under Kommisjonens godkjennelse av bedriftsstøtte via rammeprogram, kan det også i Sverige-Norge programmet gis støtte av mindre omfang (de minimis) selv om støtten faller inn under en av de godkjente formene. Støtten til tre eller flere samarbeidende bedrifter i et samarbeidsprosjekt kan beløpe seg til høyst 50 prosent av kostnadene. Det er satt en øvre grense på 100 000 euro (ca. 800 000 NOK) i offentlig støtte per deltagende bedrift under en treårsperiode. Støtten vil ikke kunne utdeles direkte av Sverige-Norge-programmet, men må gå igjennom et rammeprogram hos personen som har hovedansvar for de minimis-støtten.
